前提としては、 プラグインが pluginsディレクトリにアップしてあり、 smiley javascript と smileys と smiley macros のテンプレート・モジュールを作成してあることです。

これに関してはlomoさんとこのMTのコメント欄で絵文字を使えるようにする[改] というエントリーが大変詳しいのでそちらを参考にしてください。

• "edit_entry.tmpl"(tmpl/cms/)を修正
  私の場合テキストエリアの下あたりにsmileyアイコンを並べたので、
  

  <textarea class="full-width" name="text" id="text" tabindex="3" 
  rows="<TMPL_IF NAME=DISP_PREFS_SHOW_EXTENDED>10
  <TMPL_ELSE>20</TMPL_IF
  >"><TMPL_VAR
   NAME=TEXT ESCAPE=HTML></textarea>
  
  </div>

  の下あたりにsmiley javascript とsmileysのテンプレートモジュールの中身をコピペします。
  尚、smiley javascriptに関してはdocument.comments_form.text; を document.entry_form.text; に変更してください。
  また、なぜか<MTBlogURL>という部分を直接自分のURLに変更して記述しないとアイコンが表示されませんでした。（私だけかも....原因は不明）
  smileyアイコンの表示に関しは、エントリー画面で確認してから位置の調整をしてください。（私の場合、コメントフォームでは横４列にしていますが、エントリーでは横２列にしています。
  
  
  こんな感じになりました。（クリックすると大きい画像にポップアップします。）
• アイコンを表示させたいページへの記述
  （私はメインページ・カテゴリーアーカイブ・個別エントリーアーカイブ・コメントプレビューにいれました。）
  テンプレートの先頭（1行目）に
  

  <$MTInclude module="smiley macros"$>

  head部分に
  

  <$MTInclude module="smiley javascript"$>

  <$MTEntryBody$>を探し、

  <MTMacroApply><$MTEntryBody$></MTMacroApply>

  に変更しました。

気になる点は、文章の途中にアイコンを挿入しようとしても最後に　アイコンが付いてしまうことと、追記には使えないことです。（コピペで対処）

あ、ちなみに使っているアイコンはJason's Smiley Collectionです。